联盟实行分类建设与管理制度，国家农业科技创新联盟框架包括专业性联盟、产业性联盟和区域性联盟。 

　　专业性联盟是指围绕科技资源共建共享、解决专业领域重大共性问题的创新联盟。产业性联盟是指解决重大产业发展问题、实现产业链上中下游紧密衔接的创新联盟。区域性联盟是指通过协同解决区域重大关键问题，促进区域农业农村高质量、可持续发展的创新联盟，以及各省（自治区、直辖市）政府组织本省（自治区、直辖市）各级各类农业科技创新机构开展协同攻关而成立的省级农业科技创新联盟。 

　　（二）联盟创建 

　　除政府部门外，凡承认国家农业科技创新联盟章程，认可联盟定位、职责及义务，并符合相应条件的农业科研机构、高校、企业、新型研发机构等单位，均可提出创建联盟的申请。 

　　 1.建设条件 

　　（1）专业性联盟一般由中央或地方科研单位、涉农高校、新型研发机构等牵头组建。牵头单位应在基础前沿领域具有显著优势，或在产业关键共性技术研究领域具有显著优势，或在基础性长期性科技工作方面具有深厚积累。 

　　（2）产业性联盟一般由省级以上农业产业化龙头企业、中央或地方科研单位、涉农高校，新型研发机构等牵头组建。牵头单位在研发投入、研发团队、条件平台及发明专利等方面，在全国具有显著优势，或在本产业领域具有领先的市场竞争优势、显著的品牌影响力或国际竞争力。 

　　（3）区域性联盟一般由中央或地方科研单位、涉农高校牵头组建。牵头单位应在我国主要农业生态或生产区域重大问题研究方面具有显著优势。省级联盟以省级农业（农牧、农林）科学院、涉农高校牵头组建，重点解决本省（自治区、直辖市）农业农村发展重大科技问题。 

　　2.建设申请 

　　（1）各拟组建联盟牵头单位严格对照建盟条件，向国家农业科技创新联盟办公室（以下简称“联盟办”）提交联盟创建申请，通过联盟办形式审查后提交国家农业科技创新联盟秘书处审核。 

　　（2）通过审核的联盟与联盟办签订联盟创建协议后开展试运行。创建协议应有明确的创新任务、创新目标、创新团队、创新资金和考核机制，并提出核心任务评估指标。创建协议及相关材料须报农业农村部相关司局备案。 

　　（3）各联盟要建立有效的决策、咨询与执行机制，明确其对外承担责任的主体。联盟执行机构应配备专职人员，负责有关日常事务。